İstanbul'daki okullarda mescit açılmasına yönelik karardan, bazı Alevi dernekleri ve cemevleri rahatsız oldu. Bu derneklerden biri olan Pir Sultan Abdal Kültür Derneği (PSAKD), öğrencilere bir zorlama yapılacakmış gibi lanse ederek, "Alevi öğrencileri birebir etkileyecek. Laikliği savunuyoruz. Sadece bir dinin, bir anlayışın tahakkümü altına alınması veyahut da bir eğitimin, yani bir dini görüşün kamuda devlet eliyle verilmeye zorlanması açıkçası anayasaya da aykırı. En nihayetinde Alevi çocukları daha fazla bu uygulamada ayrımcılığa maruz kalacak." sözleriyle karara itiraz etti. Okmeydanı Cemevi de "Okullara mescit değil; bilim, eşitlik ve özgür düşünce gerekir." ifadeleriyle itirazda bulunduğu yazılı bir açıklama yaptı.